Su fundación fue compleja, abarcando varias fechas clave que van desde la bula fundacional (dada el 13 de marzo de 1498 por el Papa Alejandro VI), las primeras mandas pías para el convento (dadas en el testamento del I Conde de Palma en 1505), o el propio testamento del fundador Juan Manosalvas (en 1509).
En 1510 llegaron monjas al cenobio palmeño, provenientes del monasterio de Santa Clara de Andújar (Jaén); pero la constitución final de toda la estructura conventual abarca varios siglos hasta clausurarse.
Este convento se fundó por el caballero veinticuatro de Córdoba, Juan Manosalvas, en unas casas que había comprado en la cercanía de la entonces iglesia de Santa María. Expone las causas de la empresa llevada a cabo por el regidor, expiar las culpas por el asesinato de su mujer a causa de los celos.
El convento sufrió el azote de las desamortizaciones del siglo XIX, aunque pudo perdurar casi hasta nuestros días como tal. Durante la Guerra Civil Española fue saqueado y quemado, perdiendo parte del gran patrimonio que sus paredes custodiaban, como imágenes del famoso imaginero Martínez Montañés. Tras la guerra volvieron las monjas, restaurando en parte las estructuras conventuales, y allí permanecieron en su tarea contemplativa y de venta de dulces en el torno.
En lo que al arte y la arquitectura se refieren, el conjunto del Convento consta de varios cuerpos de edificación, articulados por varios patios. Uno de ellos, el principal, tiene un claustro de características mudéjares; los restantes responden a los caracteres propios de la arquitectura tradicional andaluza.
Se aprecian en el edificio dos momentos principales en la construcción de sus elementos más característicos: siglo XVI para el claustro y siglo XVIII para la iglesia y cuerpos de la parte norte. La construcción del conjunto se caracteriza por la existencia de muros de tapial en los que se intercala fábrica de ladrillo en zócalos, recercado de huecos, esquinas y verdugadas horizontales que dividen los paños interiores. La parte correspondiente al siglo XVIII presenta iguales características, pero su factura es más sólida. La fachada oeste se sustenta sobre un resto de muralla de época árabe con tres contrafuertes, un trozo de muro de más reciente construcción y un cuerpo anexo del Convento que llega hasta la misma línea del muro.
El patio porticado del claustro, de planta cuadrangular, constituye el elemento arquitectónico de mayor valor artístico. Una particularidad del claustro es la no uniformidad de las cuatro fachadas interiores, ya que la situada al Norte, en planta baja presenta columnas pertenecientes al estilo barroco. Las columnas de la planta baja arrancan de un zócalo corrido. Basas, fustes y capiteles de estas columnas son de ladrillo cerámico y constituyen una muestra importante del arte mudéjar.
